Laboratorium Desa Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional (STPN) dibentuk dengan komitmen untuk menguatkan peran desa dalam membangun kemandirian dalam penyediaan dan pengelolaan data desa berbasis geospasial khususnya data pertanahan. Cikal bakal terbentuknya laboratorium ini pertama kali diinisiasi melalui kesepakatan antara STPN dengan Pemerintah Daerah DIY pada tahun 1996, dengan menunjuk 17 desa sebagai Laboratorium Desa untuk menunjang penyelenggaraan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Kesepakatan tersebut dituangkan dalam Surat Gubernur DIY Nomor 591/106 jo. Nomor 591/3073 jo. Nomor 425/2059. Berdasarkan nota kesepakatan tersebut, pembentukan Laboratorium Desa mulai ditetapkan melalui Keputusan Kepala Badan Pertanahan Nasional Nomor 47 Tahun 2006 tentang Perubahan Atas Keputusan Kepala Badan Pertanahan Nasional Nomor 2 Tahun 2001 tentang Statuta Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional jo. Keputusan Kepala Badan Pertanahan Nasional Nomor 2 Tahun 2001 tentang Statuta Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional.

Seiring dengan perkembangan kurikulum STPN dan peningkatan minat pendampingan dari pihak desa/kalurahan, jumlah desa yang ditetapkan sebagai lokasi Laboratorium Desa mengalami penambahan. Sampai tahun 2023 ini terdapat penambahan sebanyak 15 desa/kalurahan. Adapun kegiatan yang dilakukan Laboratorium Desa antara lain:

1. Mengelola Basis Data hasil PKL, khususnya Data Geospasial Pertanahan
2. Koordinasi dengan desa-desa yang terpilih sebagai lokasi penyelenggaraan Praktek Kerja Lapangan, serta untuk kegiatan Pengabdian kepasa Masyarakat.
3. Menyebarluaskan hasil-hasil PKL semua Prodi di STPN bekerjasama dengan Humas dan Kerjasama, dan Pusdatin
4. Melakukan monitoring dan evaluasi untuk memonitor apakah data hasil PKL masih digunakan oleh Pemerintah dan Masyarakat Desa

Dengan adanya kegiatan-kegiatan tersebut, manfaat tidak hanya dirasakan oleh STPN namun juga oleh pihak desa/kalurahan.